www.neurologiepropraxi.cz / Neurol. praxi. 2024;25(4):282-286 / NEUROLOGIE PRO PRAXI 285 HLAVNÍ TÉMA Současné standardy molekulárně‑patologického testování nádorů centrálního nervového systému tedy můžeme detekovat i případné subklony nádorového onemocnění. Reportují se varianty/mutace s klasifikací patogenní, pravděpodobně patogenní a varianty nejasného významu (Li et al., 2017). Na obrázku 3 jsou vizualizovány výsledky metod Sangerova sekvenování a NGS genu IDH1. Pro detekci genových fúzí je zapotřebí v prvním kroku izolovat RNA ze vzorku tkáně a ověřit její kvalitu. Následuje buď RT ‑PCR k detekci specifické fúze (např. fúze ZFTA:C11orf95, YAP1:MAMLD1 specifické pro ependymomy, KIAA1549:BRAF pro pilocytický astrocytom a difuzní leptomeningeální glioneurální tumor), nebo se využívá metodika NGS pro identifikaci fúzí při zapojení alespoň jednoho genu ve fúzi v cíleném NGS panelu. RNA NGS se využívá k detekci fúzí v různých exonech vyšetřovaného genu, k hodnocení exon „skippingu“ a hladin exprese, např. lze využít Archer FusionPlex NGS panely (Archer/ Invitae, Boulder, USA) (Archer FUSIONPlex Pan Solid Tumor v2 panel [online], cit. 21. 12. 2023). Další metodou, která umožňuje hodnocení počtu kopií genu nebo oblasti DNA (detekce delecí, duplikací, CNV – „copy number variation“), je MLPA („multiplex ligation probe amplification“). Na rozdíl od metody I‑FISH se touto metodou vyšetřuje již izolovaná DNA. Výhodou je možnost multiplexní reakce, kdy se může současně analyzovat až 60 cílů v genomu. Limitací metody pro analýzu nádorové tkáně je nutnost mít alespoň 50 % nádorových buněk ve vyšetřovaném materiálu. Pomocí metody MLPA je možné detekovat CNV (např. PDGFRA 4q12, EGFR 7p11.2, CDKN2A 9p21.3), ale i bodové mutace (např. BRAF‑IDH1-IDH2) nebo metylaci pomocí metylačně specifické MLPA (MS‑MLPA) (https://www.mrcholland.com/ [online], cit. 19. 12. 2023; Schouten et al., 2002). V rámci diagnostiky a léčebné strategie se u nádorů CNS rozvíjí metylační analýza. Přínosná může být informace o metylaci určitých lokusů (např. metylace promotoru genu MGMT) nebo komplexní metylace dané tkáně (tzv. metylační profil). Pro detekci metylace specifických lokusů DNA se může využívat metylačně specifická PCR (kvalitativní metoda) nebo metylačně senzitivní MLPA (MS‑MLPA; semi‑kvantitativní metoda). Na trhu existuje např. komerčně dostupný kit MS‑MLPA (MRC Holland, Amsterdam, Netherlands) pro detekci metylace promotoru genu MGMT a bodových mutací v genech IDH1 (p. R132H=c.395G>A a p. R132C=c.394C>T) a IDH2 (p. R172K=c.5 15G>A a p. R172M=c.515G>T) v jedné reakci, což představuje zajímavé řešení pro rychlý kombinovaný screening daných prediktivních genů (https://www.mrcholland.com/ [online], cit 19. 12. 2023). Tab. 1. Tabulka klíčových genů a molekulárních profilů u primárních nádorů CNS Typ tumoru Geny/charakteristicky alterované molekulární profilya astrocytom, IDH mutovaný IDH1, IDH2, ATRX, TP53, CDKN2A/B oligodendrogliom, IDH mutovaný s kodelecí 1p/19q IDH1, IDH2, 1p/19q, TERT promotor, CIC, FUBP1, NOTCH1 glioblastom, IDH wildtype IDH-wildtype, TERT promotor, chromozomy 7/10, EGFR difuzní astrocytom, MYB nebo MYBL1 alterovaný MYB, MYBL1 angiocentrický gliom MYB polymorfní low-grade neuroepiteliální tumor mladých BRAF, FGFR rodina difuzní low-grade gliom, MAPK dráha alterovaný FGFR, BRAF difuzní středočarový gliom, H3 K27 alterovaný H3 K27, TP53, ACVR1, PDGFRA, EGFR, EZHIP difuzní hemisferický gliom, H3 G34 mutovaný H3 G34, TP53, ATRX difuzní high grade gliom pediatrického typu, H3 wildtype, IDH wildtype IDH wildtype, H3 wildtype, PDGFRA, MYCN, EGFR, metylom hemisferický gliom infantního typu NTRK rodina, ALK, ROS, MET pilocytický astrocytom KIAA1549::BRAF, BRAF, NF1 high grade astrocytom s piloidními rysy BRAF, NF1, ATRX, CDKN2A/B, metylom pleomorfní xantoastrocytom BRAF, CDKN2A/B subependymální velkobuněčný astrocytom TSC1, TSC2 chordoidní gliom PRKCA astroblastom, MN1 alterovaný MN1 ganglionický tumor BRAF dysembryoplastický neuroepiteliální tumor FGFR1 difuzní glioneurální tumor s oligoneurogliomu podobnými rysy a jadernými shluky chromozom 14, metylom papilární glioneurální tumor PRKCA glioneurální tumor s rozetami FGFR1, PIK3CA, NF1 myxoidní glioneurální tumor PDGFRA difuzní leptomeningeální glioneurální tumor KIAA1549::BRAF, 1p, metylom multinodulární a vakuolizující neurální tumor MAPK dráha dysplastický cerebrální gangliocytom PTEN extraventrikulární neurocytom FGFR (FGFR1::TACC1), metylom supratentoriální ependymom ZFTA, RELA, YAP1, MAML2 ependymom zadní jámy H3 K27me3, EZHIP, metylom spinální ependymom NF2, MYCN meduloblastom, WNT aktivovaný CTNNB1, APC meduloblastom, SHH aktivovaný TP53, PTCH1, SUFU, SMO, MYCN, GLI2, metylom meduloblastom, non WNT/non-SHH MYC, MYCN, PRDM6, KDM6A, metylom atypický teratoidní/rhabdoidní tumor SMARCB1, SMARCA4 embryonální tumor s vícevrstvými rozetami C19MC, DICER1 CNS neuroblastom, FOXR2 aktivovaný FOXR2 CNS tumor s BCOR interní tandemovou duplikací BCOR desmoplastický myxoidní tumor pineální oblasti, SMARCB1 mutovaný SMARCB1 meningiom NF2, AKT1, TRAF7, SMO, PIK3CA, KLF4, SMARCE1, BAP1, H3K27me3, TERT promotor, CDKN2A/B solitární fibrózní tumor NAB2::STAT6 meningeální melanocytický tumor NRAS, GNAQ, GNA11, PLCB4, CYSLTR2 Některé z výše zmíněných genů a jejich změny jsou důležité přímo pro určení či zpřesnění diagnózy, zatímco jiné jsou často alterované u dané diagnózy, ale nejsou esenciální pro určení diagnózy. a V tomto sloupci jsou nejprve řazeny geny, které jsou důležité pro určení diagnózy. Většina typů nádorů nese specifický metylační profil, avšak „metylom“ je v tomto sloupci uvedeno pouze u typů, u kterých je jeho testování důležité při stanovení diagnózy či rozřazení do subtypů. H3 je tu označena genová rodina, do které spadají především geny H3F3A a HIST1H3B (Louis et al., 2021; upraveno).
RkJQdWJsaXNoZXIy NDA4Mjc=