www.neurologiepropraxi.cz / Neurol. praxi. 2025;26(1):9-16 / NEUROLOGIE PRO PRAXI 13 HLAVNÍ TÉMA Genetika epilepsií a súčasné možnosti ich genetickej diagnostiky k objavovaniu nových génov zapojených do etiológie epilepsie, pričom tieto tvorili až 7 % génov v spomínanej veľkej kohortovej štúdii (Helbig et al., 2016). Analýza WES sa ukázala ako veľmi efektívna pri detekcii zriedkavých de novo variantov, prítomných iba u postihnutého dieťaťa, pomocou tzv. „TRIO“ analýzy, pri ktorej sa analyzuje postihnuté dieťa a obaja zdraví rodičia (Chen et Mefford, 2021). Pri použití špecializovaných bioinformatických nástrojov umožňujú WES analýzy posudzovať nielen bežne hodnotené SNV a malé inzercie a delécie, ale aj menej často hodnotené varianty typu CNV alebo mikrosatelity. Výzvou však zostáva vývoj bioinformatických nástrojov, ktoré by boli schopné efektívne identifikovať a presne genotypizovať takúto skupinu variantov z WES dát, hoci sa v tejto oblasti už dosahujú veľké pokroky (Budiš et al., 2019; Dolzhenko et al., 2019; Mousavi et al., 2019). Najväčšou technickou limitáciou WES je, že neumožňuje identifikovať sekvenčné varianty, ktoré sa nachádzajú mimo proteín kódujúcich oblastí génov. Takými môžu byť napr. varianty, ktoré postihujú regulačné elementy génov alebo ovplyvňujú ich transkripčTab. 2. Prehľad využitia jednotlivých metodík používaných na diagnostiku genetického pozadia epilepsií s ich výhodami a limitmi aj z historického hľadiska. Diagnostická účinnosť je uvádzaná podľa údajov v prácach (Habela, Schatz et Kelley, 2024; Helbig et al., 2016; Krey et al., 2022) Metodika Využitie Diagnostická účinnosť Výhody Nevýhody Sangerovo sekvenovanie Potvrdenie variantu identifikovaného inou metódou Overenie segregácie v rodine Nie je vhodné ako prioritná metóda u pacientov s nejasnou etiológiou Vysoká pri použití na potvrdenie variantu alebo pri overení segregácie Rýchlosť testu a nízke náklady Identifikácia SNV a malých indelov Analýza len jedného génu, čiže nízka diagnostická účinnosť v prípade použitia u epilepsií nejasnej etiológie Riziko prehliadnutia variantov v iných génoch Chybovosť PCR, falošná negativita Nezahŕňa identifikáciu CNV, SV, expanzií mikrosatelitov Cytogenetická analýza – karyotypizácia, FISH Identifikácia veľkých štrukturálnych a numerických chromozomálnych abnormalít Nie je vhodné ako prioritná metóda u pacientov s nejasnou etiológiou Nízka Detekcia veľkých CNV, translokácií, inverzií, delécií a duplikácií (FISH) Rýchlosť analýz a nízke náklady Nízka rozlišovacia schopnosť Neodhalí SNV, indely, mikrosatelity Chromozómová mikročipová analýza (CMA) Identifikácia CNV Odporúčané hlavne u pacientov s neneurologickými abnormalitami, intelektuálnou disabilitou a dysmorfickými znakmi 3 – 15 % Rýchla detekcia CNV (aj na úrovni celého genómu) Rýchlosť testu a nižšie náklady Variabilná rozlišovacia schopnosť – závislá od typu a hustoty prób na čipe (ak sú použité tzv. BAC próby – schopné detekovať CNV väčšie ako 100 kb, ak oligonukleotidové próby – detekcia CNV okolo 50 – 100 kb, v závislosti od ich hustoty) Neodhalí SNV, indely, expanzie mikrosatelitov, SV Génové panely Cielené sekvenovanie konkrétnych génov so známou asociáciou s epilepsiou 19 – 39 % (až 54 % v pripade epilepsií s malformáciami mozgu) Identifikácia SNV a malých indelov Identifikácia de novo variantov Dobré pokrytie testovaných sekvencií Výsledky sú často ľahšie interpretovateľné ako v prípade WES/ WGS, nie sú sekundárne zistenia Rýchlosť testu a nižšie náklady Neodhalí genetické varianty mimo génov zvoleného panelu CNV a expanzie mikrosatelitov v zahrnutých génoch identifikuje len s určitými limitáciami pri dobrom nastavení a so špecializovaným bioinformatickým nástrojom. Rôzne laboratóriá majú génové panely pre podobné fenotypy, ktoré však pozostávajú z rôznych súborov génov Celoexómové sekvenovanie (WES) Vhodné ako prioritná metóda u pacientov s nejasnou etiológiou, hlavne u DEE Identifikácia variantov v kódujúcich oblastiach genómu Odporúčané aj u pacientov s nejednoznačnými klinickými príznakmi alebo s komplexnou dedičnosťou Do 59 % Identifikácia SNV a malých indelov v kódujúcich oblastiach Identifikácia de novo variantov Aktuálne výhodný pomer medzi rozsahom sekvenovania a nákladmi Neodhalí varianty v nekódujúcich oblastiach CNV, expanzie mikrosatelitov identifikuje len s určitými limitáciami pri dobrom nastavení a so špecializovaným bioinformatickým nástrojom Vysoká pravdepodobnosť nájdenia VUS variantov Celogenómové sekvenovanie (WGS) Vhodné ako prioritná metóda u pacientov s nejasnou etiológiou Sekvenovanie celého genómu pacienta Výskum zriedkavých a nových genetických príčin epilepsie Diagnostika pacientov s nejasnými genetickými príčinami (kde iné metódy zlyhali) Odporúčané aj u pacientov s nejednoznačnými klinickými príznakmi alebo s komplexnou dedičnosťou Do 48 % Analýza takmer kompletného genómu Identifikácia SNV, malých indelov, CNV, expanzií mikrosatelitov, SV (v kódujúcich aj nekódujúcich oblastiach) Identifikácia de novo variantov Možnosť použitia dát na ďalšie aplikácie, ako je napr. výpočet skóre polygénového rizika (PRS) pre polygénové a komplexné formy epilepsie Vysoká pravdepodobnosť nájdenia VUS variantov Vysoký počet identifikovaných variantov s nejasným klinický významom, náročná interpretácia Vyššie náklady Vyžaduje pokročilé bioinformatické nástroje a expertízu na analýzu veľkého množstva dát BAC – bakteriálny umelý chromozóm; indely – spoločný názov pre inzercie a delécie; VUS – variant neznámeho významu; SV – štrukturálne varianty; PRS – skóre polygénového rizika
RkJQdWJsaXNoZXIy NDA4Mjc=